Nel 1399 molti pellegrini del nord Europa si erano radunati a Parigi per prepararsi al viaggio a Roma in occasione del Giubileo del 1400. La tradizione narra che il gruppo di pellegrini alla partenza prelevò dalla basilica di san Dionigi tre immagini sacre, due Crocifissi e un quadro della Vergine, perché fossero di protezione e guida nel lungo viaggio.

Dopo aver compiuto a Roma le devozioni, i pellegrini ripresero il cammino di ritorno. Arrivati a Firenze non fu loro possibile entrare in città a causa della peste: accampati fuori dalla città furono assistiti materialmente e spiritualmente dai padri Celestini. In segno di riconoscenza donarono alla chiesa di san Pietro da Morone dei Celestini uno dei due Crocifissi. Giunti poi a Bologna lasciarono nella chiesa di santo Stefano il quadro della Madonna.

Nel 1401 i romei erano di passaggio da Como: la chiesetta dell'Annunciata dei Celestini ricordò loro il conforto che avevano ricevuto dai Padri dello stesso ordine in Firenze e vi lasciarono, in segno di riconoscenza, il secondo Crocifisso che li aveva guidati nel viaggio.

Questo è quanto narra la tradizione storico culturale legata all'arrivo del Ss. Crocifisso, ma alcuni studiosi contemporanei mettono in discussione l'epoca di realizzazione Trecentesca del simulacro ligneo, posticipandola al Quattrocento e, di conseguenza, ne differiscono l'arrivo in città in anni successivi al 1401.

Sicura, invece, è la nascita della grande devozione al Crocifisso di Como ('Ul Signuur de Comm', nella tradizione popolare) diffusa non solo nel comasco, ma anche in tutta la Lombardia, in altre regioni d'Italia e all'estero, in particolare nel Canton Ticino, dovuta al miracolo avvenuto nel 1529.

La sera del Giovedì santo che quell'anno ricorreva il 25 marzo, solennità dell'Annunciazione a Maria, i Confratelli dell'Annunciata si recavano processionalmente, come tutti gli anni, guidati dal Crocifisso a visitare le 'sette chiese' dove era riposto il SS. Sacramento. Giunti al ponte di san Bartolomeo e diretti alle chiese di santa Chiara e di san Rocco, trovarono la strada sbarrata da due grosse catene sovrapposte, fatte apporre dal governatore spagnolo, le cui estremità attaccate ad anelloni di ferro, erano impiombate nei muri laterali.
Le catene avevano lo scopo di impedire l'entrata in città alle scorribande della cavalleria francese stanziata nel milanese. Il capitano delle guardie negò ai confratelli il passaggio; non rimaneva altro da fare che passare sotto le catene. All'inchinarsi della croce, la catena superiore si strappò trascinando dietro di sé la pesante pietra  alla quale era infissa. I testimoni, nel processo canonico di riconoscimento del miracolo, dissero: '...cento paia di buoi non avrebbero tratto fuori detto anello...' e ancora '...le pietre ove era infisso l'anello erano murate con calce stabile e ferma...'.
Con tale prodigio veniva premiata la fede dei Confratelli dell'Annunciata e da quel momento numerosi fedeli si rivolgono al Crocifisso per invocare la sua protezione e rendergli grazie.

Alla conclusione del processo canonico, istituito negli anni successivi al miracolo e a cui testimoniarono i presenti al prodigioso evento del 25 marzo, il 1 febbraio 1608 il Miracolo delle Catene fu riconosciuto ufficialmente dalla Chiesa. Sul luogo del miracolo venne eretta una piccola cappella demolita nel XVIII secolo.

La virtù prodigiosa del Crocifisso è attestata dai numerosi quadri exvoto conservati nella Galleria del santuario e dai pellegrinaggi votivi, generalmente per tradizioni secolari, di gruppi di fedeli o singole persone che si susseguono nel corso dell'anno.

Nei momenti difficili i comaschi si sono rifugiati sotto le braccia aperte del loro Crocifisso per ottenere protezione. In particolare si ricorda quella sperimentata durante le due guerre mondiali 1915-18 e 1940-45. Come segno di perenne riconoscenza arde la fiamma di una lampada che scende verso il presbiterio dalla volta di cupola e quella di un cero votivo collocato presso l'altare.

La città di Como uscita incolume dalle devastazioni della seconda guerra mondiale, in segno di ringraziamento per lo scampato pericolo dalle devastazioni della guerra realizzò una corona regale che fu posta sul capo del Crocifisso il 17 giugno 1945 dal Card. Ildefonso Schuster. La corona reca incisa la scritta: 'Cives comenses gratias referunt tibi protegenti  -  i cittadini comaschi da te protetti ti rendono grazie'. Ogni anno i fedeli, le autorità e il Vescovo rinnovano il loro ringraziamento al Crocifisso con la celebrazione della 'Giornata della Riconoscenza' che attualmente coincide con la solennità di Cristo Re.

Ogni anno in occasione della Settimana Santa, l'immagine miracolosa viene esposta al devoto bacio dei fedeli: il Crocifisso è innalzato su un piccolo Calvario; la gente sempre numerosa, sale lentamente le rampe del palco e con devozione si accosta per il bacio di ringraziamento e supplica. Il venerdì santo il SS. Crocifisso viene portato in processione per le vie della città, sulla quale il Vescovo pronuncia la benedizione.